Blogcast - Recherche en cours

Science 2.0 - bis

Fri, 12 Sep 2008 11:13:46 +0200

La recherche scientifique cède-t-elle à la mode du 2.0 ? 2.0 par analogie au WEB 2.0, participatif, dynamique et collaboratif dont nous connaissons tous les grandes réussîtes, les blog, Wikipedia, Agoravox, etc. Le 2.0 repose sur le postulat qu’une foule, un groupe a une compétence, une expertise qui dépasse la somme des compétences individuelles.

Depuis 2 ans on voit fleurir dans le monde de la recherche des initiatives 2.0. Une des premières, en 2006, la création de la revue américaine PLOS one. PLOS one garde le système traditionnel de jugements des articles par les pairs, le « peer-rewieving ». Les articles soumis sont préalablement examinés de façon anonyme pour les auteurs, par des experts eux-mêmes chercheurs mais extérieurs à la revue. Etape chronophage et sélective. En plus de ce traditionnel jugement par les pairs avant publication PLOS one instille du 2.0 en donnant la possibilité à n’importe quel lecteur de commenter en ligne les articles après leur publication.
Un cran au-dessus dans le 2.0 : la prestigieuse revue anglaise Nature créé en 2007 un espace WEB, « Nature precedings » qui propose de publier en ligne quasi instantanément des contenus scientifiques sans jugement par les pairs, donc sans contrôle qualité préalable. Là encore, possibilité de commenter publiquement et de noter ces articles.
Deux autres initiatives à signaler, qui émanent cette fois d’acteurs purement internet, non rattachés à des revues : les sites UsefulChemistry et OpenWetWare qui sont de véritables portails de contenus scientifiques postés par des utilisateurs. On y trouve des protocoles, des résultats préliminaires, de cahiers de laboratoire, des blogs, ou plus exactement des brainstormings autour de questions scientifiques non résolues. OpenWetWare compte prés de 10000 pages et 5000 contributeurs.

La complémentarité des contenus 2.0 par rapport aux publications traditionnelles est évidente. Un article classique rend compte de façon figée d’une petite fraction de travaux passés, parfaitement digérée et ripolinée. Un contenu 2.0 est un instantané de travaux bruts, qu’ils aient marchés ou pas, que leurs auteurs les aient compris ou non. Quel est donc l’intérêt de publier des expériences qui n’ont pas marchées ? Au moins deux intérêts :
- éviter à d’autres chercheurs de refaire exactement les mêmes expériences ratées,
- collecter des idées pour comprendre pourquoi cela n’a pas marché.

Comment le 2.0 est-il accueilli par la communauté scientifique ? Des réticences s’expriment, la plus courante tourne autour du risque de se faire voler ses résultats, déposséder de ses idées. Vieille crainte qui n’est pas née du 2.0, il y a un peu deux profils de chercheur, deux caractères. Ceux qui se construisent une niche scientifique et la bétonne en minimisant les échanges de peur de se faire déposséder de leurs idées. Ce type de chercheur, on l’imagine, n’alimente pas les portails 2.0. Inversement, il y a ceux qui considèrent que si vous fermez les portes vous en laissez beaucoup dehors que ce que vous protégez dedans. Pour ceux-là créer un contenu scientifique original nécessite l’interaction avec la plus vaste communauté possible. De ce point de vue là, les outils 2.0 sont surpuissants pour multiplier les opportunités d’interaction.

Au delà de cette opposition, le 2.0 soulèvent des questions très pratiques : Comment citer un contenu scientifique 2.0 ? Comment se protéger du plagiat sur internet ? Comment être sûr de la validité d’un contenu 2.0 ? La folksonomie vaut-elle le peer-rewieving ? La mise en ligne publique de résultats expérimentaux est-elle compatible avec une prise de brevet future? …et des questions plus fondamentales : Où sont les frontières de l’activité scientifiques ? Si j’ai un accès à Internet et j’ai envie de poster quelque chose à propos de science, cela fait–il de moi un « auteur scientifique »?

Il n’y a pas encore de standard, de norme, en science 2.0 mais plutôt une multitude d’expérimentations. Dans le lot il y a fort à parier que peu d’entre elles seront pérennes. Celles qui resteront changeront-elles radicalement notre façon de faire de la recherche ?

JMG

Science 2.0

Fri, 27 Jun 2008 15:52:05 +0200

Dans l’opinion Science et progrès ne vont plus systématiquement de paire. Très clairement, la croyance aveugle en un monde meilleur grâce au progrès scientifique et technologique a du plomb dans l’aile. En attestent les polémiques sur les OGMs, les nanotechnologies, le nucléaire, les ondes des téléphones portables, etc… Face à cette crise de confiance somme toute assez récente dans nos sociétés les réactions du monde scientifique sont diverses :
1. une réaction fréquente, explique ce divorce par le déficit de connaissance scientifique des foules. La parade c’est la vulgarisation. Expliquez la science au plus grand nombre, vous rétablirez la confiance. Les initiatives dans ce sens se multiplient, à commencer par la fête de la science.

2. autre piste pour rétablir la confiance : associer plus les citoyens aux décisions politiques qui ont des composantes scientifiques ou techniques. D’où l’organisation de forums citoyens qui réunissent pendant plusieurs jours (et sur un pied d’égalité théorique), des experts scientifiques, des décideurs politiques et des citoyens « lambda ». L’expérience a notamment été tentée sur la question OGM.

3. 3e piste qui n’a pas été conçue initialement pour rétablir la confiance mais qui va peut-être y contribuer : la science participative, où les chercheurs associent des non scientifiques à leurs travaux de recherche. Plusieurs formes possibles. La plus répandue utilise le réseau, ce sont les projets interneto-collaboratifs. Là, des équipes de recherche demandent aux internautes de prêter la puissance de calcul de leur ordinateur pour effectuer des tâches répétitives. Par exemple, décoder des données de radiotélescopes dans l’espoir de trouver des signaux extraterrestres (projet SETI).

La nouvelle génération de projets interneto-collaboratifs ne se contente pas d’utiliser l’ordinateur de M. Toulemonde mais directement son cerveau. Par exemple, le projet ReCAPCHA propose aux internautes de déchiffrer des manuscrits anciens que les programmes de reconnaissance automatique de caractères sont incapables de décoder.

Autre projet collaboratif lancé par le muséum d’histoire naturel, “L’observatoire des jardins” fait appel aux particuliers pour dénombrer les papillons dans un jardin ou un parc public. Le but étant d’évaluer les variations de la biodiversité. Le projet a un réel succès, près de 20 000 jardins en France sont suivis de la sorte.

Enfin, dernier exemple de science participative que je voudrais évoquer, le projet “FoldIt” que l’on pourrait traduire par “Repliez-la”. De quoi s’agit-il? De protéines qui lorsque elles sont fabriquées dans une cellule sont d’abord linéaires comme de longs colliers de perles puis en quelques nanosecondes se replient sur elles-mêmes pour former une structure 3D essentielle à leur fonctionnement. Déterminer cette structure 3D est un problème important en biologie. « Foldit » se présente sous la forme d’un jeu sur ordinateur. Au fur et à mesure que l’internaute joue il fournit des solutions de repliement possibles de protéines de structure inconnue. Le jeu ne nécessite aucune connaissance biochimique préalable. Pas encore disponible sur Playstation, mais déjà assez élaboré. L’un des créateurs du jeu, Zoran Popovic, déclare : “nous espérons changer la manière dont la science est faite, et par qui elle est faite. Notre but ultime est de faire jouer des personnes ordinaires et en faire au final des candidats pour le prix Nobel”

Changer la manière de faire de la science changera-t-il notre perception de la science? La question reste ouverte. En tout cas cet engouement pour les démarches participatives n’est pas restreint à la science. On a vu des projets d’orgasmes participatifs à l’échelle planétaire, plus sérieusement, on pense bien sûr au WEB 2.0, ses sites participatifs, ses wikis. À tel point que l’on a inventé un mot pour désigner ce type de démarche : le “crowdsourcing” que l’on pourrait traduire par « intelligence des foules ». L’idée sous-jacente est simple : une foule, un groupe, a une compétence qui dépasse la somme des compétences individuelles de chacun de ses membres. 1+1 est supérieur à 2. Belle revanche des foules, longtemps considérées comme a priori ignorantes, moutonnières voir dangereuses…

JMG

Un monde sans chercheur

Fri, 30 May 2008 23:57:15 +0200

Vous avez probablement été soumis à la dernière campagne de publicité de la Ligue contre le Cancer. En général ce type de campagne est plutôt formaté, sur le théme “vous aussi, cela peut vous arriver, donnez!” . Cette fois-ci, des créatifs ont changé de ton en créant un monde enfantin pastiche du monde de OuiOui, « Le monde de Lali » (Lali pour “La Ligue”). Dans ce monde, plus de cancer. Dans le monde de Lali on chante une mignonne petite chanson :

“Dans mon pays il n’y a pas de cancer,
pas de thérapie et encore moins de soucis,
pas de chercheur, c’est tout le temps le bonheur
jamais de malade, c’est la vraie rigolade...”

Chercheur cela rime avec bonheur, c’est bien. Pas de bol pas de chercheur cela rime AUSSI avec bonheur. Mine de rien, le message diffusé en toute innocence c’est que les chercheurs n’ont qu’une seule raison d’être : guérir les maladies. Plus de maladie, plus besoin de chercheurs (et c’est le bonheur). Et la recherche fondamentale dans tout cela? Heu, pour quoi faire?? Bonnet d’âne pour la Ligue!

JMG

Vers l’animal artificiel

Wed, 27 Feb 2008 12:51:21 +0100

Le but avoué de la biologie synthétique est de créer un être vivant entièrement in vitro. Pour l’instant les biologistes synthétiques s’intéressent aux bactéries, pas par conviction, mais pour des raisons pratiques évidentes: une bactérie c’est beaucoup plus simple qu’un vrai animal à 4 pattes. La bactérie synthétique n’existe pas encore, mais elle a déjà un nom : Synthia.

Deux écueils techniques pour fabriquer Synthia :
1. Façonner en laboratoire les plans de Synthia, c’est à dire synthétiser une molécule d’ADN portant une panoplie minimale de gènes nécessaires à sa vie.
Transférer cet ADN dans des cellules elles-mêmes débarrassées de leur ADN “naturel”.

Les leaders dans ce domaine, qui s’en étonnera, sont américains. Un des projets le plus abouti est mené par le sulfureux Craig Venter qui, en son temps, a été un des coordinateurs du séquençage du génome humain. Pour ce projet, ils ont choisit de travailler sur les mycoplasmes. Pourquoi les mycoplasmes ? Très simplement parce que ce sont les bactéries cultivables en laboratoire au plus petit génome que l’on connaisse : 481 gènes, c’est bien peu, comparé, par exemple, au 30.000 gènes que compte notre génome.

Premier frisson en août dernier : les équipes du Craig Venter Institute publient une méthode (.pdf, angl.) permettant de transplanter l’ADN d’un mycoplasme d’une espèce particulière dans un mycoplasme d’une autre espèce. À l’époque les journaux ont titré à la création du premier être vivant artificiel. Soit, mais à bien y réfléchir cette bestiole était tout de même faite de briques naturelles : d’une part l’enveloppe d’un mycoplasme et d’autre part le matériel génétique, l’ADN, d’un autre mycoplasme.
Nouvelle avancée qui vient être publiée dans la revue Science (.pdf, angl.). Les équipes du Craig Venter Institute ont réussi a synthétiser la plus longue une molécule d’ADN jamais fabriquée en laboratoire. Molécule qui porte l’intégralité des gènes du mycoplasme. Un génome entier, 481 gènes (soit 582 kilobases pour les spécialistes).

On est tout prés cette fois-ci de la naissance de Synthia, il reste maintenant a rentrer cet ADN artificiel dans des cellules débarrassées de leur propre ADN.
Coup de pub ou véritable avancée scientifique ? En tout cas Craig Venter n’y va pas avec le dos de la cuillére : "We are going from reading our genetic code to the ability to write it. That gives us the hypothetical ability to do things never contemplated before".
Cela vous effraie ou cela vous fait rêver?

JMG

La science du bonheur

Fri, 25 Jan 2008 15:27:22 +0100

Le bonheur n’est pas un sujet d’étude scientifique traditionnel. La psychologie s’est plus intéressée aux névroses qu’aux situations de bonheur. Le bonheur reste plutôt le domaine des philosophes, ou des journaux féminins toujours prompts à vous révéler les 9 recettes du bonheur en couple.

Depuis quelques années la science commence à investir le champ du bonheur. Il faut bien reconnaître qu’on connaît peu de chose du bonheur. Y-a-t-il une composante génétique à la propension au bonheur? Comment le sentiment de bonheur varie-t-il chez un individu donné? Votre bonheur dépend-t-il plus de vos conditions de vie extérieures (la puissance de votre voiture, la taille de votre maison…), ou bien de vos capacités intrinsèques à être heureux? Pour répondre à ce genre de questions, il a fallu établir des méthodes pour mesurer le bonheur. Certes, le bonheur est subjectif donc difficilement mesurable mais à partir du moment où vous collectez et chiffrez le ressenti de vos cobayes, vous pouvez déjà répondre à certaines questions. La démarche expérimentale est parfois très élaborée.

Citons la célèbre expérience menée par l’équipe du prix Nobel Daniel Kahneman, sur des patients qui subissent une coloscopie, pénible examen du côlon avec une sonde au bout d’un flexible. Les patients sont divisés en 2 groupes, ceux qui subissent le protocole classique et ceux qui subissent le même protocole rallongé de 60 secondes à la fin de l’examen. 60 secondes pendant lesquelles il ne se passe rien, on laisse la sonde immobile avant de la retirer (le plus pénible c’est quand la sonde bouge). Les patients qui ont subi le protocole rallongé décrivent a posteriori l’examen comme moins pénible et sont mieux disposés à subir un nouvel examen que les patients qui ont subi le protocole traditionnel pourtant plus court… Conclusion: le sentiment de plaisir ou de déplaisir est bâti préférentiellement sur la fin d’une séquence d’événements.

Autre question d’intérêt: quelles sont les activités qui génèrent le plus de bonheur? Plusieurs travaux concordent pour désigner la prière ou la méditation parmi les expériences les plus jouissives. A côté de ces études statistiques, des neurobiologistes se sont aussi engouffrés dans ce domaine avec cette fois des outils d’imagerie cérébrale pour visualiser les modifications d’un cerveau heureux. Là encore beaucoup d’études. L’une d’elle vient d’être publiée dans la revue PNAS. L’étude (.pdf, angl.) menée sur des moines Tibétains révèle que la méditation est associée à une activation forte de zones habituellement activées par des expériences agréables doublée de l’inhibition de zones habituellement actives chez le patient déprimé. Serait-ce double effet qui rend la méditation si agréable ? La comparaison religion/opium du peuple prend subitement un sens neurobiologique!

Au-delà du résultat, c’est un des rares exemples de pont jeté entre spiritualité et science occidentale. Pont que l’on doit au « Mind and Life Institute » dont un des objectifs est de mettre en contact les contemplatifs les plus expérimentés avec les meilleurs psychologues et neurobiologistes du moment. L’un des ambassadeurs du Mind and Life n’est autre que Mathieu Ricard, moine tibétain au parcours atypique. Il a d’abord passé une thèse en biologie cellulaire dans le laboratoire d’un autre prix Nobel François Jacob avant de partir vivre dans un temple Tibétain en 1972. Auteur, avec son père le philosophe JF Revel, de « Le moine et le philosophe », vous trouverez ici une de ses conférences.
JMG

Le rapport ROSE

Fri, 11 Jan 2008 21:46:55 +0100

2 mots du rapport ROSE (Relevance Of Science Education), étude internationale sur l’enseignement des sciences. L’étude, coordonnée par des Finlandais, porte sur des dizaines de milliers d’enfants. Parmi les conclusions de ce rapport, on découvre que plus le PIB/habitant du pays est grand, plus l’élève trouve les cours de sciences ennuyeux et inutiles. Au bas de l’échelle, le Bangladesh, le Ghana et l’Ouganda, ou le désir de devenir un scientifique parmi les enfants de 15 ans est le plus fort. À l’autre extrémité les pays occidentaux.

Pourquoi un tel désinterêt pour les sciences dans les pays riches ? Une des explications avancéemet en cause l’enseignement des sciences qui serait chez nous, inadapté, ennuyeux, trop basé sur du « par cœur » et pas sur de la réflexion, trop abstrait pas assez pratique. Bref chiant. Si on fait porter le chapeau à l’enseignement des sciences, comment expliquer que dans les pays les plus pauvres ou la science n’est pas enseignée, la motivation soit au plus fort ? Vaudrait-il mieux, chez nous aussi, ne plus enseigner les sciences plutôt que de mal les enseigner ?

Y a t il des causes plus profondes à la désaffection des sciences dans nos sociétés ? Sociétés dont les héros ont bien souvent réponse à tout. Société où les explications simplistes sont délivrées à jet continu par certains medias de masse. Bref, nous sommes aux antipodes de la complexité et du doute inhérents à la démarche scientifique. Les valeurs dominantes de nos sociétés ne seraient-elles pas, tout bêtement, peu compatibles avec la démarche scientifique ?

Pour finir, un paradoxe qui ne vous aura pas échappé : la science se fait essentiellement dans les pays riches, là même où elle est jugée si peu intéressante. Mais alors qui fait avancer la science, si les enfants du pays ne la trouvent pas sexy ? Des immigrés venus de pays plus pauvres bien sur ! Aux USA, la majorité des doctorants et des post-doctorants, (donc les forces vives des laboratoires), est d’origine étrangère, chinoise ou indienne. L’immigration serait-elle la solution miracle pour pallier la désaffection des carrières scientifiques en Europe?

JMG

La revanche de Lamarck

Fri, 13 Apr 2007 12:07:46 +0200

En 2005 l’équipe de M. Skinner aux USA publiait une étude (.pdf, angl.) qui défrayait la chronique: des rates enceintes exposées à un fongicide courant, la vinclozoline, transmettent à leur descendance mâle un défaut de fertilité (une diminution de la mobilité des spermatozoïdes). Première chose étonnante, la quasi totalité des mâles sont atteints. L’événement provoqué par le fongicide n’est donc pas une mutation de l’ADN qui par définition est un événement rare. On a plutôt affaire à une modification épigénétique qui touche l’ADN mais pas sa séquence. Plus étonnant, si vous recroisez ces mâles avec des femelles normales les descendants mâles présentent quasiment tous le même défaut de fertilité. Ainsi de suite sur 3 générations, notre modification épigénétique est donc capable de se maintenir de génération en génération, les petits rats mâles héritent à tous les coups des effets d’une substance à laquelle leur arrière grand-père a été soumis lorsqu’il était dans le ventre de leur arrière arrière grand-mère.

Nouvelle étude (.pdf, angl.) qui vient d’être publiée: la modification épigénétique provoquée par la vinclozoline n’a pas seulement un effet sur la mobilité des spermatozoïdes mais aussi sur la capacité des mâles à être choisis par des femelles. Femelles qui préfèrent s’accoupler à des mâles dont l’arrière grand-père n’a pas été exposé à la vinclozoline. Une partie de l’explication est que cette substance contient un composé qui annule les effets de la testostérone, l'hormone mâle produite par les testicules. Le scénario le plus probable serait que la vinclozoline agit sur notre arrière grand-père au moment où ses cellules reproductrices se forment. La vinclozoline n’induit pas de mutations mais elle dérègle l’expression de certains gènes nécessaires à la masculinisation. Ce dérèglement se transmettant de mâles en mâles.

Plusieurs choses interpellent dans cette histoire. La première c’est que l’on assiste à la naissance d’une nouvelle discipline « la toxicologie épigénétique ». Discipline qui, on peut le parier, va être riche en surprise.

La seconde c’est la démonstration expérimentale que des modifications épigénétiques induites par l’environnement peuvent jouer un rôle dans l’évolution des espèces. Dans le cas qui nous intéresse dans l’extinction d’une espèce.

Enfin, on commence à voir se lézarder un dogme de la biologie qui veut que les caractères acquis ne soient pas héréditaires. Votre père fait de la musculation certes, ce n’est pas pour autant que vous naîtrez plus musclé que la moyenne. C’est évident bien sûr, mais cela ne l’a pas toujours été. Petit retour dans les années 1800, Lamarck éminent naturaliste propose une théorie basée sur l’hérédité des caractères acquit. Les girafes qui vivent dans des steppes arides sont contraintes à tendre le cou pour manger des feuilles. Leur cou s’allonge et cette modification morphologique se transmet à la descendance. Plus prés de nous, le biologiste russe Lyssenko échafaude une théorie restée en très bonne place dans le bêtisier des sciences : les citoyens soviétiques devraient pouvoir acquérir le modèle de « l’homme nouveau » et le transmettre à leurs descendants. Revenons aux arrières grand-père de nos rats : ils ont acquit un caractère pendant leur vie fœtale qu’ils ont transmit à leur descendance. On a donc bien à faire à un cas de transmission d’un caractère acquis. A suivre…

JMG